Kantor Kementerian Agama Kota Batu berdiri mulai tahun 2003, semula menempati ruang yang ada di Kantor Urusan Agama ( KUA) Kecamatan Batu, kini telah berdiri bangunan Kanor Kementerian Agama Kota Batu yang terletak di Jalan Sultan Agung No. 7 Kel. Sisir Kecamatan Batu Kota Batu.
Kepala Kantor Kementerian Agama Kota Batu
1. Drs. H. Muhtadin AM ( 2003 - 2006 )
2. Drs. H. Ahmad Rosidi, M.Ag ( 2006 - 2009 )
3. Drs. H. Moh Hasin, M.Ag ( 2009 - 2011 )
4. Drs. H. Saifullah Anshari, M.Ag ( 2011 - 2012 )
5. Drs. H. Imron, M.Ag ( 2012 - 2013 )
6. Drs. H. Jamal, M.Pd.I ( 2013 - 2017 )
7. Dr. Musta'in, M.Ag. ( 2017 - 2018 )
8. Drs. Nawawi, M.Fil.I ( 2018 - sekarang )
Kantor Kementerian Agama Kota Batu membawahi 3 (tiga) Kantor Urusan Agama, yaitu :
1. KUA Kec. Batu
2. KUA Kec. Bumiaji
3. KUA Kec. Junrejo